Au cœur même de Septerra se trouve le noyau, un énorme ordinateur. Sept continents se situant à des altitudes différentes, chacun possédant ses propres habitantes et sa propre culture, se trouvent en orbite autour du noyau. Selon une ancienne prophétie, les continents de Septerra devraient un jour se rejoindre et se retrouver ensemble en orbite sur un seul niveau - c'est l'héritage de Marduk, le fils du Créateur. Les Elus, croyants fanatiques de la suprématie de leur propre sagesse et de la technologie, ont accéléré le processus et ont provoqué une catastrophe mondiale qui menace la vie de tous les Septerreans.

Pendant ce temps, parmi les Junkers, une jeune femme nommée Maya se retrouve rapidement confronté à des problèmes apparemment insurmontables. Sans aide, elle n'a aucune chance de remplir la prophétie avant que Septerra ne périsse. Mais à qui peut-elle faire confiance dans un monde de tension déchiré par la guerre ?